EPOCA COLONIAL
El territorio que comprendía Aguilares, a partir de 1543 formó parte del cabildo de San José El Paisnal, hasta que desapareció en 1738 debido a que se convirtió en una hacienda colonial. Pero en 1786 se constituyó de nuevo, y se hizo parte del Partido de San Salvador. El 12 de junio de 1824, el territorio que comprendía Aguilares pasó a constituir el cantón La Toma, dentro del municipio de San José El Paisnal, perteneciendo ya al departamento de San Salvador.
Dicho municipio se extinguió de nuevo el 22 de mayo de 1835 y pasaría a ser parte de la jurisdicción de Guazapa, perteneciente al distrito de Suchitoto. en el departamento de Cuscatlán; pero el 11 de febrero de 1878 se integró otra vez a la jurisdicción de Apopa en San Salvador. El 7 de marzo de 1892 se separaría El Paisnal formándose como municipio y siendo parte del distrito de Tonacatepeque.
EPOCA MODERNA
En 1928, varios personajes de la época buscaron de forma altruista ante la Asamblea Legislativa, el nombramiento de Aguilares como pueblo.
Estos ciudadanos fueron: Manuel Ángel Arévalo, Abel Iraheta, Salvador Artiga, José Cañas Prieto, Nicolás Barrera y Jesús Cardona; obteniendo el resultado de la hazaña hasta cuatro años después, cuando el 23 de junio de 1932 bajo el mandato de Maximiliano Hernández Martínez, se nombra a Aguilares con el título de pueblo, esto tras pasar de ser conocido como La Toma, en la jurisdicción de El Paisnal a Aguilares en el distrito de Tonacatepeque en el departamento de San Salvador.
El 2 de julio de 1932, se publicó en el Diario Oficial el Decreto Legislativo referido y en acatamiento a lo dispuesto en el Art. 20.
El gobernador del departamento de San Salvador, de conformidad con la Ley, convocó a los vecinos de la nueva comprensión municipal a fin de que procedieran a elegir un alcalde, dos regidores y un síndico, que con tal número de ediles quedó integrado el primer gobierno local de pueblo de Aguilares, siendo el primer alcalde del municipio el señor Abel Iraheta.
Debido al desarrollo que iba presentando el municipio, bajo el mandato del General Salvador Castaneda Castro y por Ley No. 26 del 30 de septiembre de 1946 y publicado en el Diario Oficial No. 225 de fecha 10 de octubre del mismo año, se otorgó el título de villa al pueblo de Aguilares.
En 1971, a causa del crecimiento de la infraestructura y población del municipio, bajo el mandato de Fidel Sánchez Hernández y según Decreto Legislativo No. 455 del 25 de noviembre de 1971 y publicado en el Diario Oficial No. 226 de fecha 10 de diciembre del mismo año, se le otorgó el título de ciudad.
